Data generated via BoolNet::BoolNet::loadNetwork
data(BoolNet_CellCycle_Network)A traditional Boolean type of cell cycle network
Mussel, Hopfensitz et al. 2010, BoolNet - an R package for generation, reconstruction and analysis of Boolean networks
data(BoolNet_CellCycle_Network)
BoolNet_CellCycle_Network
#> $interactions
#> $interactions$CycD
#> $interactions$CycD$input
#> [1] 1
#>
#> $interactions$CycD$func
#> [1] 0 1
#>
#> $interactions$CycD$expression
#> [1] "CycD"
#>
#>
#> $interactions$Rb
#> $interactions$Rb$input
#> [1] 1 4 5 6 10
#>
#> $interactions$Rb$func
#> [1] 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $interactions$Rb$expression
#> [1] "(! CycA & ! CycB & ! CycD & ! CycE) | (p27 & ! CycB & ! CycD)"
#>
#>
#> $interactions$E2F
#> $interactions$E2F$input
#> [1] 2 5 6 10
#>
#> $interactions$E2F$func
#> [1] 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $interactions$E2F$expression
#> [1] "(! Rb & ! CycA & ! CycB) | (p27 & ! Rb & ! CycB)"
#>
#>
#> $interactions$CycE
#> $interactions$CycE$input
#> [1] 2 3
#>
#> $interactions$CycE$func
#> [1] 0 1 0 0
#>
#> $interactions$CycE$expression
#> [1] "(E2F & ! Rb)"
#>
#>
#> $interactions$CycA
#> $interactions$CycA$input
#> [1] 2 3 5 7 8 9
#>
#> $interactions$CycA$func
#> [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> [39] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $interactions$CycA$expression
#> [1] "(E2F & ! Rb & ! Cdc20 & ! (Cdh1 & UbcH10)) | (CycA & ! Rb & ! Cdc20 & ! (Cdh1 & UbcH10))"
#>
#>
#> $interactions$p27
#> $interactions$p27$input
#> [1] 1 4 5 6 10
#>
#> $interactions$p27$func
#> [1] 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#>
#> $interactions$p27$expression
#> [1] "(! CycD & ! CycE & ! CycA & ! CycB) | (p27 & ! (CycE & CycA) & ! CycB &! CycD)"
#>
#>
#> $interactions$Cdc20
#> $interactions$Cdc20$input
#> [1] 10
#>
#> $interactions$Cdc20$func
#> [1] 0 1
#>
#> $interactions$Cdc20$expression
#> [1] "CycB"
#>
#>
#> $interactions$Cdh1
#> $interactions$Cdh1$input
#> [1] 5 6 7 10
#>
#> $interactions$Cdh1$func
#> [1] 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1
#>
#> $interactions$Cdh1$expression
#> [1] "(! CycA & ! CycB) | (Cdc20) | (p27 & ! CycB)"
#>
#>
#> $interactions$UbcH10
#> $interactions$UbcH10$input
#> [1] 5 7 8 9 10
#>
#> $interactions$UbcH10$func
#> [1] 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
#>
#> $interactions$UbcH10$expression
#> [1] "! Cdh1 | (Cdh1 & UbcH10 & (Cdc20 | CycA | CycB))"
#>
#>
#> $interactions$CycB
#> $interactions$CycB$input
#> [1] 7 8
#>
#> $interactions$CycB$func
#> [1] 1 0 0 0
#>
#> $interactions$CycB$expression
#> [1] "! Cdc20 & ! Cdh1"
#>
#>
#>
#> $genes
#> [1] "CycD" "Rb" "E2F" "CycE" "CycA" "p27" "Cdc20" "Cdh1"
#> [9] "UbcH10" "CycB"
#>
#> $fixed
#> CycD Rb E2F CycE CycA p27 Cdc20 Cdh1 UbcH10 CycB
#> -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
#>
#> attr(,"class")
#> [1] "BooleanNetwork"